在农产品生产环节，根据今年５月２９日新修订的《食品卫生法》，日本开始实施关于食品中残留农药的“肯定列表制度”。在新标准实施之前，日本只对２８８种使用频率很高的农药和兽药设定了农作物残留限量标准，对使用频率不高、使用量不大的农药则没有制定具体的残留限量标准。
新规定将设定残留限量标准的对象增加到７９９种，且必须定期对所有农药和兽药残留量进行抽检。针对原来已有残留限量标准的农药，日本政府降低了其允许残留的上限，而对那些没有具体规定限量标准的农药，每公斤农产品中的残留量一律不得超过０．０１毫克。
２００３年，日本《食品安全基本法》通过并生效，食品安全委员会设立，日本开始执行新的食品安全政策。相关部门引进了风险分析体制，在风险分析的基础上采取综合对策，以防止人们经由食品摄入有害微生物或有害化学物质。日本各农产品产地还根据当地气候和土壤条件设定农业规范，将农业生产过程中各领域的主要危害因素及其对策列成清单，并作好相应的危害管理记录。
在食品加工环节，原则上除厚生劳动省指定的食品添加剂外，食品生产企业一律不得制造、进口、销售和使用其他添加剂。食品添加剂的安全性还需要通过食品安全委员会进行的食品健康影响评价，具体方法是确定每种添加剂中所含的化学物质，并经动物实验得出毒性测试结果，以此为依据确定人每天允许摄入量，最后在不超过每日允许摄入量的前提下，限定每种食品的添加剂最大使用量。
为确保食品添加剂的安全性，日本政府还调查国民每日添加剂摄入量。一旦调查结果表明摄入量可能引发食品安全问题，相关部门就立刻着手修正添加剂使用标准。
在食品流通和销售环节，日本实行严格的食品标注制度，《日本农林规格法》明确制定了生鲜食品和加工食品的产品标注标准。生鲜食品的销售者必须标明食品的名称、原产地和容量。加工食品必须标明名称、原材料名、容量、保质期、保存方法、生产厂家和地址等，其中干鱼类、鳗鱼加工品和蔬菜冷冻食品等８类加工食品还必须标注原料原产地。
《食品卫生法》则把食品分成１４个大类，规定的标注内容除《日本农林规格法》的项目以外，又包括了是否含添加剂、是否含过敏物质及食用方法等。此外，转基因农产品及以其为原料的加工食品有标明为转基因食品的义务。一般食品的营养成分虽不是强制标注的内容，但如果制造商要标注的话，不能光强调特定成分，还需要按顺序先标明热量、蛋白质、脂肪、碳水化合物和钠，然后再标注其他成分，以免误导消费者。
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