为预防动物传染病的传播，草案增订动物运输业者应实施运输车辆与装载箱笼的清洗、消毒措施；装载生鲜禽蛋应使用一次性的装载容器或包材。
研究显示，H7N9亚型禽流感以活禽市场传播，为防患未然，草案增订"中央主管机关"为防范经由鸡、鸭、鹅、火鸡等家禽传染、蔓延重大人畜共通的动物传染病，得禁止在公告零售市场展示、陈列及贩卖。
有关扑杀补偿的规定，草案明确规定违反疫情通报及不依动物防疫人员指导者，不予补偿。
为鼓励动物所有人或管理人主动通报，草案规定，通报新发现或岛内曾发生而持续2年以上未有病例的动物传染病，因而遭扑杀的动物，得依评价额以内予以补偿。"行政院"院会通过修正草案后，将送"立法院"审议。
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