除第3条附表的水产品与乳制品实施系统性查核定于2018年1月1日施行外，其余修订条文自发布日起施行。
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2017年8月4日，台湾地区“卫福部”发布卫授食字第1061301998号令，修订发布《进口食品系统性查核实施办法》第4、5、8条条文及第3条附表。
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