印度的一位环保运动人士提起诉讼后，该国一直推动的有关批准转基因食品种植事宜在争议声中延迟了。该人士指控印度科学家在转基因芥菜的优势这一问题上欺骗、误导了大众。
转基因芥菜科研小组负责人、德里大学植物遗传学家Deepak Pental则否认了这项指控，并说：“这些攻击就是为了给印度科学界扣上坏名声”。而其他研究人员在面对这项指控时的说法则显得有些谨慎。据悉，该案件的下一次开庭将安排在2月份。但目前这场纠纷已经迫使印度暂停了即将批准通过的第一个转基因食物种植方案。没人知道这个案件何时能够得到解决，并且监管机构对转基因作物种植批准监督透明度的缺失，无疑增加了问题解决的难度。
印度农业委员会总干事Trilochan Mohapatra提到，第一例转基因食物种植的批准是印度农业生物技术史上的一个重大时刻，并将会为更多转基因作物的种植开创道路。这个国家目前仅允许了一例转基因作物的种植——转基因抗虫棉。
如同许多国家一样，转基因作物在印度是一项备受争议的生物技术。研究人员表示这些转基因作物能帮助供养国家不断增加的人口。但环保人士担心食品安全以及跨国农业技术公司有可能取得对该国食物供应链的控制。
自从2014年Narendra Modi作为总理执政以来，重新恢复了一些田间试验。2016年9月印度环境部发布了一项评审意见指出，转基因芥菜（印度芥菜/雪里蕻）没有被发现存在安全问题，这使转基因芥菜看起来万事俱备只待批准了。Pental表示，芥菜籽产量将因此提高25%~30%，相应的也能生产更多的芥子油，这样一来就可以减少印度对其他进口食用油的依赖。
但在10月7日，印度最高法院受理了由一位转基因反对者Aruna Rodrigues提起诉讼的案件，要求该转基因作物在通过独立评估之前，相关部门应暂停对其的批准过程。在重申了对转基因农作物的普遍担心后，Rodrigues表示Pental与印度相关的监管机构都夸大了转基因芥菜的优点，并且非转基因芥菜同样可以达到高产量。而且，在由环境部基因工程鉴定委员会（GEAC）监督的试验中，这种新的农作物并没有与其最好的竞争者做过对比。因此她指控Pental与相关的检测机构蓄意行骗。
不过，Pental对该项指控并不理会。他说该案的审判目的是检验转基因作物的健康与安全性，并不是与其他所有可以竞争的农作物对比产量。如果要比的话，非转基因品种也许可以比第一代转基因品种产量高，但这也是猜测，并没有经过测试对比。无论如何，农民最终将以农作物的实际表现作为基础决定选择哪一品种。
Pental还补充说，转基因芥菜的价值体现在，引入基因可以使杂交许多不同种类的种子成为可能，由此获得其他品种的有益属性，比如抵抗枯萎病、茎腐病的基因。Pental同样否认了Rodrigues关于蓄意行骗的控告，比如捏造数据，他表示那仅仅是一份数据报告中的低级错误。
Rodrigues则同样担心抗除草剂特性会被引入到农作物中，因为这种属性有利于杂交种子的生产，但这会造成农民向田里喷射更多的除草剂。Pental则表示印度农业部将为农民喷涂除草剂发放许可。但其他的科学家已经注意到在实际应用
而且，Rodrigues还提到，转基因芥菜的DNA可能会感染它附近的其他植物。Pental则表示这种感染并不是问题，他说：“即使转基因进入到另外一个品种中，难道会发生灾难吗？”但其他科学家对此则更加谨慎。“你不能忽视基因感染带来的问题，这必须经过仔细的评估。” 海德拉巴的细胞和分子生物学中心生物学家Imran Siddiqi说。
虽然双方各执一词，但律师Kabir Dixit表示，没有人知道最高法院将如何裁决。不过，印度政府已经同意在批准转基因芥菜上市之前，需要得到法院的许可。即便一切顺利，这种作物仍可能面临地方政府的“拦截”。在一些州，反转组织已经下了最后通牒。北印度农民组织领导者——Bhartiya印度农民联盟发言人Rakesh Tikait表示，该组织不会让转基因芥菜被种植。“如果有种子店售卖转基因荠菜种子，那么这里的所有种子全会被烧掉，店铺也会被封掉。”他说。
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