2016年共查验出入境人员706.28万人次，同比增长19.85%。出入境人员监测体检16000人次，同比减少76.45%，发现传染病1278例。出入境人员预防接种64812人次，同比减少22.58%。对于以上检出病例均已按照相关规定进行处理。
2016年共检验检疫进境动植物及其产品74219批、190.76亿美元。共在进境动植物及其产品中截获植物疫情31779批，其中检疫性有害生物咖啡浆果炭疽病菌、乳白蚁、云杉大小蠹、散大蜗牛、桔小实蝇等5339批、25850种次，非检疫性有害生物灰长角天牛、蚁形甲、窃蠹、拟德国小蠊、毛雀麦等27393批。截获植物疫情的产品主要来自美国、韩国、新西兰、巴西、澳大利亚、日本、朝鲜等国家或地区。对检出疫情的货物均依法采取除害处理、退运、销毁等措施。
2016年共检验检疫进口食品及化妆品26850批、16.33亿美元。检出涉及重要安全卫生项目的不合格进口食品化妆品211批。不合格产品涉及7类产品，主要是加工食品、花生和其他植物源性食品等。主要来自韩国、欧盟和日本等国家或地区，主要不合格原因为微生物超标、食品添加剂超范围超限量使用和感官品质不合格等。对以上不合格的进口食品化妆品均依法做退运、销毁等处理。
2016年共检验监管进口工业品86928批次、609.07亿美元，检出不合格12316批次、91.20亿美元。检出不合格进口工业品主要有铁矿、石油及制品、铜矿、煤炭、废旧物品和机床，这六类货物涉及不合格货值87.59亿美元，主要来自新加坡、美国、瑞士、韩国和日本等国家和中国香港等地区。针对发现的进口工业品不合格情况，均依法采取退运、销毁、要求整改等措施。
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