台湾地区依据食品安全卫生管理法对转基因食品严格管理，除须符合各项食品卫生安全规定外，还有转基因食品原料的安全性评估、查验登记及标示等管理规定。为强化基因改造食品标示的管理，“食品药物管理署”预计于4月底召开专家会议，并研拟修正相关标示规定。
国际间基因改造黄豆及玉米，从研发到商业化过程，必须经过严谨的食品安全评估，并通过输出国政府的审查机制，方能商业化种植。台湾地区与日本、韩国等输入基改黄豆、玉米的国家或地区，均采取上市前审查许可制度。“食品药物管理署”为审查基因改造食品原料，聘请分子生物、毒理学、免疫学、医学及食品科学等相关学术领域中的专家，组成“基因改造食品审议小组”,依据基因改造食品的安全评估方法，逐案专业审查，其审查的重点包括产品的毒性、过敏诱发性、营养成分等，也同时参考先进国家对该基改食品原料安全性评估结果，最后针对每件申请案加以检验，确认转殖基因的表现情形，整体确保其食用安全，才会发给许可。
目前有报导指出，“食品药物管理署”曾于今年1月表示，最快今年预告基改食品标示草案，拟将非属有意掺入基因改造原料的掺杂容许量，由5%修正为0.9%,不过，迄今4个多月仍未预告。“食品药物管理署”表示，各国或地区依其粮食供给、食品价格、贸易障碍、民众观感及认知等考虑因素，订定不同的掺杂容许量，台湾地区与日本现行皆为5%,韩国为3%,马来西亚为3%,澳新为1%,欧盟为0.9%.
“食品药物管理署”将依2014年2月5日公布修正的食品安全卫生管理法，针对含基因改造原料食品，搜集国际资料及各国或地区做法后，预计于4月底邀请学者、消保团体代表及工（协会）代表召开专家会议，研拟“含基因改造原料食品标示规范”草案，并依WTO/TBT程序公开草案内容，搜集各界所有意见，视需要再次预告或完成公告。
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