2006年我国农产品出口克服了国外技术壁垒影响和生产成本上涨压力，实现较快增长。全年农产品出口310.3亿美元，同比增长14.1％，历史上首次达到300亿美元，农产品出口迈上新台阶；进口319.9亿美元，同比增长11.6％，贸易逆差9.6亿美元，同2004年（48.4亿美元）、2005年（14.6亿美元）相比，贸易逆差进一步减少。
全年农产品出口呈现如下特点：
一、优势农产品出口快速增长，商品结构进一步优化，出口价格提高，促进了农民增收和就业。
园艺、水海等优势农产品出口快速增长。全年园艺产品出口89.3亿美元，同比增长23.7％；水海产品出口89.7亿美元，增长17.4％。两类产品出口占总额的57.7％，对农产品出口总体增速拉动超过10个百分点。大蒜已跃居成为我出口金额最大的农产品,全年出口10.2亿美元，同比增长46.2%，出口单价增长36.6％。在大蒜之乡－金乡县，大蒜生产成本约1000元/吨，干蒜收购价约2900元/吨，加工后出口价格则达7000元/吨，增值率超过100％，不仅带动了金乡及其周边地区蒜农致富，大蒜出口加工业还解决了当地近４万人就业，成为名符其实的富民产业。
深加工农产品比重提高。全年深加工农产品出口150.1亿美元，同比增长23.0％，在农产品出口总额中的比重升至48.3％，同比提高3.4个百分点。
出口价格继续上涨。在2006年前三季度我国农产品生产价格指数下降0.27个百分点的同时，全年我国农产品出口价格指数上涨4.9个百分点，大蒜、苹果、苹果汁、蘑菇罐头等8种大宗出口商品平均价格上涨均超过20％。
二、对欧美市场增势强劲，日本市场占比下降，出口市场进一步多元化。
对欧美市场出口增长强劲。受园艺、水海产品出口拉动，全年对美国出口37.8亿美元，同比增长33.0％；对欧盟出口43.4亿美元，同比增长25.1％。欧美市场在我总出口中占比稳步提高。
对日出口增幅明显下降。自去年5月29日“肯定列表制度”实施以来，日本已对我农产品实施了15项命令检查措施。全年对日农产品出口82.1亿美元，同比增长3.6％，比上年减少一半。日本市场在我出口总额中占比已降至26.5％，为近年来最低。
新兴市场增势良好。全年对西亚、拉美、俄罗斯等新兴市场增长迅速，出口增幅均在20%以上，占我出口总额的19.7％。对欧美、新兴市场份额的增加和对日本市场依赖性的降低，标志着我出口市场结构进一步趋于合理，有利于规避贸易壁垒，降低出口风险。
三、主要出口省市增势良好，部分中西部省市高速增长。
全年山东、广东、浙江、福建、辽宁、江苏、北京、上海八大省市出口额均超过10亿美元，出口总额231.8亿美元，同比增长15.0％，占农产品出口总额的74.6%。其中江苏、福建、上海、山东增幅分别达到32.6％、22.9％、18.8％、17.3％。 中西部地区18省市中，海南、山西、宁夏、湖北增幅分别达到74.3％、64.6％、49.9％、32.2％。
四、民营企业成为出口新增长点，经营主体活力增强，形成了一批农产品出口龙头企业。
全年国有企业出口67.3亿美元，同比减少9.5％，占比21.7％；外商投资企业出口134.3亿美元，同比增长15.1％，占比43.3％；民营企业出口94.3亿美元，同比增长39.8％，占比提高至30.4％。民营企业成为农产品出口新增长点，对农产品出口总体增长拉动近10个百分点，并取代国有企业成为第二大农产品出口主体。
全年国内从事农产品出口企业2.11万家，比去年同期增长19.9%。质量保证体系完善的大企业出口竞争力进一步加强，出口额1000万美元以上的农产品出口龙头企业624家，比去年同期增加了28.1%，出口额150亿美元，占农产品出口总额48.3％。
五、一般贸易方式为主，加工贸易为辅，保税区仓储转口货物是贸易逆差主要来源
从贸易方式看，2006年一般贸易出口234.9亿美元，同比增长14.2％，占农产品出口75.7％，贸易顺差12.7亿美元；加工贸易出口66.6亿美元，同比增长13.5％，占农产品出口21.5％，贸易顺差9.1美元。保税区仓储转口货物和保税仓库进出境货物是贸易逆差主要来源，2006年贸易逆差分别为26.7亿和8.3亿美元。
2006年我农产品出口虽实现较快增长，但严峻的外部环境、制约发展的内部体制等一系列影响农产品出口的长期问题依然存在，当前影响我农产品出口的不利因素又不断涌现，农产品出口形势仍不容乐观。
一是生产成本上涨增加了企业出口成本。
2006年以来，受原材料价格、劳动力成本和能源、运输费用普遍上涨，检验检疫费用涨幅较大（对日出口增长50%以上），汇率波动导致换汇成本增加等因素影响，农产品出口的综合成本上升6%－15%左右。虽然出口价格有所上升，但出口企业的整体效益均有不同程度下降，生猪、柑桔罐头、部分蔬菜以及初级加工农产品的利润下滑明显。
预计2007年原材料、能源、劳动力等价格仍将呈上升趋势，出口企业的利润空间将进一步缩小。其中，劳动力紧张及工资上涨对东部地区和加工企业影响较大；而能源、运输成本上涨对中西部农产品出口的影响更大。与此同时，国内部分初级农产品“卖难”现象，将加剧出口竞争。
二是贸易保护主义抬头，技术性贸易壁垒有制度化趋势。
2006年6月，欧盟向WTO通报，拟修改3个禽肉产品减让表，由单一关税改为关税配额，并以中国为“非实质利益方”为借口，否认中国的参与谈判权；随着我国农产品出口规模扩大，可能引发发达国家更多的贸易限制措施。发达国家利用消费者对食品安全的关注，不断提高农产品的市场准入门槛，日本“肯定列表制度”标志着发达国家的技术壁垒已趋向制度化、法律化，对我农产品出口负面影响将在今后一个时期持续存在。
三是农产品出口促进政策尚未形成长效机制。
近年来，各部门为积极扩大农产品出口相继出台一系列支农、惠农政策。但由于国家对支持农产品出口的长效机制尚未形成，在支持和促进农产品出口的政策措施方面仍存在较大的不确定性，影响了农产品企业出口积极性。
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