进口配额分配与管理方法，是关系到实际进口情况的重要问题，我国入世文件中对此做了十分详细和具体的规定。
（1）谁负责分配配额。农产品进口配额的管理工作由国家计委负责。
（2）谁可以获得配额。有资格申请配额的实体是最终使用者。也就是说，不是从事外贸经营的企业。
（3）配额分配方法。应采用先来先领的办法，或根据申请人的历史进口绩效、生产能力或其他商业标准。国家计委应在申请日期前一个月在官方刊物上公开发布取得配额的特定资格要求。
（4）有关份额规定。在第一年，至少需要将保留给国有贸易企业进口配额的10％分配给新的申请者。如果通过国有贸易企业进口的配额量在每年8月15日前未能全部签订合同，配额获得者有权通过任何有外贸经营权的实体进口有关商品。保留给非国有贸易实体的配额部分也采取同样的分配标准，并且在第一年也应将至少10％的配额分配给新的申请者，但对象仅限于那些未享有特殊待遇或专营权的实体，包括合资企业、外商独资企业和民营企业。
（5）配额的再分配。在任何一年内，若配额获得者未能在9月15日前就全部配额数量签订合同，那么它应该将未利用部分交还给国家计委，以便重新进行分配给别的申请者。配额再分配的申请时间是9月1日～15日，国家计委于10月1日重新发放该部分配额。申请配额再分配的特殊资格要求也需要在申请期前一个月公开发布，并且依据先来先领的办法，将当年的剩余配额分配给新的申请者或者那些已经用完全部配额的实体。
（6）对配额完成情况的奖惩。如果采取的不是先来先领的办法,那么配额获得者在后一年可以获得的配额数量不少于前一年的实际进口量。不管采用何种配额分配方法，如果配额获得者未能用完进口配额，并且未在当年9月15日前将剩余配额量交还给国家计委，那么将在下一年度按比例削减其配额量。如果配额获得者连续两年未用完配额，但是在规定日期前将剩余配额量交还给了国家计委，那么其在下一年可以获得的配额将根据上一年的实际配额执行情况确定，并且不允许其参与配额的再分配，除非没有任何其他实体提出新的申请。
（7）申请和有效时间。每年9月15日前发布配额申请资格要求，10月15日～30日为申请期。10个工作日内给予答复。每年1月1日前应将全部配额分配完。配额的有效期为日历年度。
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