为帮促福建省水产品扩大出口，福建检验检疫局全力构筑安全防护网。2016年，该局辖区出口水产品国外通报率维持在0.01%的低水平，合格率达99.99%。该局帮促辖区出口水产品生产企业提升出口竞争力，福建省出口水产品自主品牌开拓市场能力逐渐加强，2016年福建省水产品出口东盟国家货值达21.14亿美元，同比增长12.82%；出口“一带一路”沿线国家水产品达46.42亿美元，同比增长15.27%。
福建检验检疫局推进福建省打造高品质出口水产品质量安全示范区，该局辖区水产品国家级示范区数量占辖区国家级示范区总数50%。2016年，福建检验检疫局辖区示范区出口水产品货值达39.83亿美元，占出口总货值的67.23%。同时，指导辖区出口水产品培育特色产业群，辖区已形成了东山、宁德两大出口水产品产业集聚地和海捕水产品、对虾、大黄鱼、烤鳗、鲍鱼等五大产业群。2016年，东山、宁德两地占福建省出口水产品总货值63.05%。
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