福建省与台湾隔海相望，在水产品、水果、中草药等领域，具有较大的合作空间。近年来，福建局推进闽台特色农业合作，帮促辖区企业积极探索两岸合作新模式。该局促成东山海魁集团与台南学甲食品公司签订虱目鱼长期购销协议，与台南渔民签订了养殖协议，开展进境台湾虱目鱼深加工项目，产品销往国内外市场，部分返销台湾市场。为进一步降低成本费用，海魁集团在台收购虱目鱼后当地代加工直接出口，并投资建设加工厂。
福建局帮促辖区企业利用“一带一路”沿线国家优质资源开展产能合作。随着“一带一路”战倡议实施，福建企业与“一带一路”沿线国家在特色农业尤其是水产养殖业的合作不断加大。福州宏龙水产公司于印尼加里曼丹阿拉弗海域投建远洋渔业基地和育苗厂，将技术和管理优势与本地资源优势互补，大力发展近海养殖，并从连江、罗源招收富余渔业劳动力，组建股份制经济联合体，共同发展境外海洋养殖业。
福建局指导福清福荣公司创新烤鳗“境外养殖，境内加工”模式，利用印尼丰富的鳗苗资源、优质的养殖环境和廉价的人工成本建设养殖场，鳗苗经过简单加工后以来料加工的模式进口，烤鳗产品出口日本、俄罗斯等国家。在水产养殖业“走出去”的带动下，水产饲料的出口也日趋增长，2016年福清水产配合饲料销往越南、文莱等东南亚地区共256.5吨，同比增长近7倍。
在福建局的帮扶指导下，福建出口农产品深加工程度进一步提升，且出口企业在利用国外优势资源的同时开展转型升级，向产业链上游延生，逐步涉足农产品深加工领域，提高出口特色农产品附加值。
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