台湾地区“港埠检疫费用征收办法”（以下简称本办法）系依传染病防治法第五十九条第三项规定订定，本办法自2001年2月27日发布实施后，期间历经六次修正。本次修正系依据规费法第十一条规定，检讨检疫收费标准，考虑客船旅客众多且人流互动密集，有较高的传染病散播风险，为防止发生群聚疫情，针对一定吨位数以上客船的特殊设施（备）所采取的卫生检查，所需投注的检查时间、深广度及专业度等成本较高，故参酌欧美及亚太地区等先进国家作法，增订超过一千吨客船的船舶卫生管制证明书费及船舶卫生检疫费收费基准，并依船舶吨位数订定收费级距，以合理反映执行业务人力及行政等成本；最后配合港埠检疫规则明定检疫单位对运输工具的消毒负督导指示之责，不再执行消毒措施，从而删除征收消毒费的相关规定，故拟具本办法修正草案，其修正要点如下：
一、因配合港埠检疫规则第十七条规定，检疫单位对运输工具的消毒负督导指示之责，不再执行消毒措施，故删除征收消毒费的相关规定。（修正条文第二条；删除现行条文第十ㄧ条至第十五条）
二、增列客船定义。（修正条文第三条）
三、调整黄热病疫苗及流行性脑脊髓膜炎疫苗的处理成本；另为配合疟疾预防药品及阿米巴性痢疾药品市场供货情形，不再明定采购药品名称，以利弹性采购。（修正条文第四条）
四、增订超过一千吨客船的船舶卫生证明书费收费基准，并依船舶吨位数订定收费级距。（修正条文第六条）
五、增订超过一千吨客船的登船检疫费收费基准。（修正条文第九条）
港埠检疫费用征收办法修正草案
第1条 本办法依传染病防治法第五十九条第三项规定订定。
第2条 本办法所定检疫费用，其项目如下：
一、预防接种、疟疾预防药品费、阿米巴性痢疾药品费。
二、证照费：
（一）国际预防接种证明书费。
（二）船舶卫生管制或免予卫生管制证明书费。
（三）尸体出境准许证明书费。
三、卫生检疫费：船舶卫生检疫费。
前项第一款、第二款第一目及第三目的费用，其征收对象为申请办理国际预防接种、疟疾预防药品、阿米巴性痢疾药品或尸体出境准许事项者。但阿米巴性痢疾药品费的征收对象以非本国籍者为限。
第一项第二款第二目、第三款的费用，其征收对象为入出国（境）运输工具的所有人、管理人或代理人。
前二项的征收对象于申办时，持“中央”主管机关所属疾病管制署（以下称疾病管制署）开立的缴款书，向国库或国库代理银行缴纳。但符合国库法第五条的规定，可以现金向疾病管制署或“中央”主管机关委托的医疗机构缴纳。
第3条 本办法所称吨位，指依船舶国籍证书登载的总吨位。
本办法所称客船，依船舶法规定。
第4条 预防接种，收费如下：
一、黄热病疫苗接种：每剂收取采购成本，另加处理成本新台币一百六十元。
二、流行性脑脊髓膜炎疫苗接种：每剂收取采购成本，另加处理成本新台币一百六十元。
疟疾预防药品费：每锭收取药品采购成本，另加处理成本新台币二十元。
阿米巴性痢疾药品费：每锭收取采购成本，另加处理成本新台币四元。
第一项至第三项的疫苗与药品采购成本及收费的金额，由“中央”主管机关公告，并刊登行政院公报。
第5条 国际预防接种证明书费，初签或补证新台币二百元，加签新台币一百五十元。
第6条 船舶卫生管制或免予卫生管制证明书费，以船舶吨位计算；其收费基准如下：
一、一千吨以下：每张新台币三千元。
二、超过一千吨至一万吨：每张新台币四千元；客船为每张新台币五千元。
三、超过一万吨至五万吨：每张新台币五千元；客船为每张新台币六千三百元。
四、超过五万吨：每张新台币六千元；客船为每张新台币七千五百元。
第7条 船舶卫生管制或免予卫生管制证明书补发、延期、放行或更改船名、国籍等签证费，每张新台币一千元。
第8条 尸体出境准许证明书费或其他证书费，每张新台币二百元。
第9条 船舶卫生检疫费，按船舶入境每次计算；其收费基准如下：
一、审查检疫费：以电子通讯审查检疫，每艘新台币一千元。
二、登船检疫费：
（一）一千吨以下：每艘新台币一千二百元。
（二）超过一千吨至五千吨：每艘新台币一千五百元；客船为每艘新台币一千九百元。
（三）超过五千吨至一万吨：每艘新台币二千元；客船为每艘新台币二千五百元。
（四）超过一万吨至三万吨：每艘新台币二千五百元；客船为每艘新台币三千二百元。
（五）超过三万吨至五万吨：每艘新台币三千五百元；客船为每艘新台币四千四百元。
（六）超过五万吨：每艘新台币五千元；客船为每艘新台币六千三百元。
船舶有下列情形之一者，免征船舶卫生检疫费：
一、游艇：五百吨以下者。
二、无动力驳船：拖船已征收前项费用者。
第10条 船舶卫生检疫费，平日应由轮船公司或其船务代理，于船舶出港前缴纳；例假日及上班时间外进出港的船舶，可于翌日上班时间内缴纳。但经疾病管制署同意者，不在此限。
第11条 本办法自○○○年○○月○○日施行。
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