一是对企业主动披露制度作出细化和补充规定。明确了主动披露的认定标准、执行程序和法律责任，增强主动披露制度的可操作性和实效性，有利于更好地引导和鼓励企业加强自我管理、主动纠错。《实施办法》明确了进出口企业、单位向海关主动披露的形式为书面提交报告，并对报告的真实性、准确性、完整性负责。对主动披露的企业、单位，海关应当从轻、减轻或不予处罚；对主动披露并补缴税款的进出口企业、单位，海关可以减免滞纳金。此外，《实施办法》规定了三类不属于主动披露的情形：报告前海关已掌握违法线索的，报告前海关已通知被稽查人实施稽查的，报告严重失实或隐瞒其他违法行为的。
二是对委托专业机构有关规定进行细化。在新《条例》的基础上，进一步明确了海关委托专业机构的范围、委托方式、法律后果等内容，解决具体操作问题，提高海关委托社会力量协助管理的效能。《实施办法》规定，海关实施稽查时，可以委托会计师事务所、税务师事务所或者其他具备会计、税务等相关资质和能力的专业机构，就相关问题作出专业结论，双方应当签订委托协议，明确委托事项和权利义务等，专业结论经海关认可后可以作为稽查认定事实的证据材料。此外，被稽查人也可以委托专业机构作出专业结论，结论可以作为海关稽查的参考依据。《实施办法》规定，专业机构有弄虚作假、隐瞒事实、违反保密约定等情形的，海关应如实记录，做出相应处置，并可以通报有关主管部门或者行业协会。
三是进一步规范了稽查程序。针对当前稽查执法实践中存在的具体问题，进一步明确了稽查管辖、稽查人员执法资格管理、终结稽查程序、稽查文书确认、签收等内容，厘清了各方的权利义务，增强执法程序的规范性。《实施办法》规定，稽查一般由被稽查人注册地海关实施，上级海关可以指定或组织下级海关跨关区或在本关区范围内实施稽查；稽查应由具备稽查执法资格的人员实施，并出示海关稽查证；对被稽查人下落不明或被稽查人终止而无权利义务承受人的，经批准可以终止稽查；被稽查人拒绝签收稽查文书的，海关可采取留置送达。
该《实施办法》作为新《条例》的重要配套规章，对新《条例》的有关规定作出明确和细化，提高了新《条例》可操作性；重点解决了海关稽查执法中具有普遍性和典型性的问题，保障被稽查人合法权益，提升海关执法效能；在新《条例》基础上，通过规章立法更好地体现国务院“放管服”改革的精神和要求，体现了海关全面深化改革的方向和成果。
新《条例》和《实施办法》施行后，海关总署将做好完善制度、培训上岗、扩大宣传等工作：相应修改稽查作业标准等内部流程，建立行政法规、部门规章、内部工作制度等多层级制度体系；开展专业、规范解读，理解立法原意，组织全员培训和上岗考试，促使海关稽查人员熟练掌握新规定、新要求，提高执法能力；多渠道开展对外宣传，通过微信、微博、报刊杂志以及制作宣传画、组织召开企业座谈会等形式，提高社会认知度，使广大进出口企业及时掌握新法规、新内容，提高守法意识，推动企业健康发展。
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