我国加入WTO后，根据植物检疫形势发展的需要，在与SPS协议的原则相一致的基础上，逐步建立和完善进境植物检疫防御体系。随着我国对外经济贸易的深入开展，国外植物疫情随货物传带风险逐年加大，特别是近几年来，全国口岸截获的植物疫情逐年上升，口岸检疫把关形势严峻。
近年来，从全国口岸截获的植物疫情呈逐年递增状态，口岸防控外来有害生物传入形势严峻。据统计，2006年从全国口岸进境货物共截获有害生物2721种、14.3万批次；2007年从全国口岸进境货物截获各种有害生物2611种、17.5万批次，截获总批次比2006年增加了14.70%.这几年，外来有害生物的入侵时有发生，地中海实蝇、香蕉穿孔线虫等世界公认的头号重大疫情屡闯国门，被口岸检验检疫机构数次截获。
总结口岸截获的植物疫情有如下特点：进境农产品中的敏感货物直接带疫情情况较多，如通过进境种苗、水果、原木、粮食等直接带入疫情被截获的批次多；动物产品截获植物疫情的情况较普遍，如水产品、牛皮、羊毛等动物产品等，带入危险性仓储害虫和检疫性杂草种子等较多；动植物疫情传带途径多且隐蔽，除正常货物外，植物疫情也随集装箱体、船舶、旅客携带物、包装物等传带入境，特别是集装箱空箱的疫情风险，较容易被忽视。
目前，我国口岸进境植物检疫防御体系主要是按下列程序来建立：依据WTO（SPS）原则进行有关风险评估→制定检疫性有害生物和禁止进境物名录→设定疫区→与有关贸易国谈判签订植物检疫议定书（协议书）→开展预检工作→检疫审批（进口许可）制度→输出国官方证书互认→口岸现场查验→口岸检疫处理→后续监管→放行。发现疫情应急机制、风险预警、疫情通报、暂停进口。
我国进境植物检疫防御体系不断完善，主要体现在：重新修订和颁布了一整套较完整的进境植物检疫性有害生物新名录，新名录原来84种增加到435种，大幅度提高了针对相关产品的检疫性有害生物数量，提高了保护面。同时，新名单的制定建立了动态制度，根据疫情定期调整，可定期补充，对外公布（经风险评估）.口岸检疫配套设施不断完善，对风险较大的产品，实行指定口岸、专用码头进口，并配套符合条件的电子视频实施查验。口岸检测技术水平不断提高，分子生物学、血清学技术对有害生物进行检疫鉴定被广泛采用，同时，在转基因产品的检测方面也取得了成效。外来有害生物监测工作逐年开展，如开展地中海实蝇、红火蚁的监测等。
对重点和敏感的植物产品实施严厉的准入制度：与多个贸易国签订了检疫议定书、备忘录，制定了进口贸易检疫框架。广泛开展针对产品的风险评估工作，对高风险品种采取严格的准入制度。采取进口审批和许可证制度，对进口植物繁殖材料、水果、粮食、烟草、饲料等要求办理进口审批手续。对部分进口产品开展境外预检工作，以便降低进口产品检疫风险。采用国际通行做法，对进口产品实施植物检疫官方证书互认，以降低进口产品风险。
与此同时，也存在着一些问题，同属检疫高风险的不同进口产品之间的防御措施，做法不一，用力不均。进境审批制度存在多头管理的现象，导致审批工作与口岸进口把关脱节。高风险产品的预检工作尚未全面开展。对部分产品的风险评估、定级工作尚未完善。
口岸检疫把关方面存在的困难，鲜活商品（种苗、水果等）检疫周期长与该产品不易长时间停留口岸的矛盾突出，导致产品在调离码头后，实验室发现疫情，处理难度大；口岸检疫发现假官方证书、申报假产地来源等现象时有发生，给检疫把关工作带来一定困难；进境货物附有输出国官方证书，仍截获大量活的有害生物的现象较为普遍，失去了官方证书的认证价值。大部分的高风险产品为进境贸易性商品，疫情复杂，一旦进入流通领域，后续监管极为困难。
总之，如何保护我国农林业生产安全，防止外来有害生物入侵，是检验检疫工作所要面临的重大课题。随着我国外贸经济的发展，加强和完善口岸进境植物检疫防御体系势在必行。
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关于加强进境植物检疫防御体系的建议
对进境水果、种苗、繁殖材料、粮食等敏感植物产品，建立统一、完善的防御外来有害生物入侵体系。建立从风险评估→设定疫区→境外预检→进口准入（审批制度）→检疫监管等一系列有效的防御体系，对风险大的品种，加大进口审批力度或禁止进境。
将进境农作物繁殖材料与进境林业观赏种苗依据其风险程度区分对待，采取不同的防御措施。
进境植物检疫审批权限统一归属国家质检总局，改变多头管理的局面。主要依据：一、检验检疫部门直接掌握了口岸一线疫情截获的情况，同时第一时间了解国外疫情发生情况，对检疫审批起到至关重要的作用；二、通过口岸检疫把关，掌握了不同国家（产地）、不同品种的疫情动态，对控制进境数量，降低疫情传入风险，起到很好的调控作用。
加强检验检疫部门与地方农、林部门的沟通合作，共同建立防御外来有害生物的应急机制。建立口岸检验检疫牵头，地方农、林部门积极参与的联动反应应急预案，实现针对外来有害生物入侵的快速联动反应机制。
完善市场召回、退运机制，建立后续监管与产品召回相结合的制度。对产品风险大的品种，要完善对产品追踪和溯源管理机制。对进入后续监管或商品流通渠道的产品，期间发现重大疫情的，地方农、林部门应积极配合口岸检验检疫部门，对流通商品立即实施召回，并采取销毁或退运措施，同时，对产品实施风险预警或警示通报，将信息反馈到输出国。
不断研究和完善口岸检疫除害处理工作。对口岸检疫时间长，较隐蔽的有害生物，通过进行有效的除害处理，降低疫情的传入风险，尤其是加大对鲜活植物产品，如水果、种苗等实施有效除害处理的研究，加快对鲜活植物产品通关速度。
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