据《国际先驱导报》报道，“肯定列表制度”实施1个多月来，不仅打击了中国的蔬菜出口商，也严重影响了日本百姓的日常生活。
2006年5月29日正式开始施行新的《食品卫生法》，按照新的残留标准严格检验、检测蔬菜、鱼肉等食品中的农药以及抗生素等残留量之后，从国外进口的蔬菜、鱼肉等农产品数量大减，日本国内市场上的蔬菜以及鱼肉等食品价格出现了较大幅度的上涨。致使日本许多老百姓怨声载道，抱怨政府制定的新残留标准过于苛刻。
在新标准实施之前，日本只对300多种使用频率很高的农药和鱼肉中的抗生素设定了残留限量标准，但新的有关法律规定，必须对所有的农药和抗生素残留量定期进行抽样检测。
另外，日本政府还对原来已经设置了残留限制标准的农药提高了限制标准，降低了允许残留的上限。对那些没有具体规定限制数量的农药，允许残留的上限统一定为0.01ppm。
日本新实施的高标准残留农药限制把许多产自中国的蔬菜、肉类等食品挡在了国门之外。据日本媒体报道，施行新的残留标准之后，2006年6月，日本从中国进口的蔬菜、鱼虾肉类等食品比上年同期下降了近20%，特别是新鲜蔬菜及鳗鱼等农产品的进口数量降幅更大。
据统计，2006年6月，福建省对日本出口农产品5249万美元，比2005年同期大幅下降41.98％。当月，福建省自日本退运进口的农产品达到64.2万美元，大大超过1～5月47.8万美元的退运货值。退运农产品主要集中在烤鳗、蔬菜和罐头类产品上。
另一方面，近似于苛刻的农药等允许残留量也适用于日本国内生产者，同样给日本国内的农户造成了巨大影响。这也从一个侧面说明了“肯定列表制度”的不切实际。
据《日本农业新闻》报道，一些日本农户表示，0.01ppm的统一标准过于苛刻。这种标准是以每天要吃一定数量的同一种蔬菜，而且要吃一生为前提设计的，实际上一个人不可能一生每天都吃同一种蔬菜。过于严格的允许残留标准在增加日本农户生产成本的同时，还减少了上市的数量，致使销售价格上涨。
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