人乳中含有大量的溶菌酶，而牛乳中则很少，将溶菌酶添加到牛乳及其制品中，可使牛乳人乳化；研究还表明，溶菌酶是双歧杆菌增长因子，有防止肠炎和变态反应的作用，对婴、幼儿的肠道菌群有平衡作用；在干酪生产中添加溶菌酶可代替硝酸盐等抑制丁酸菌的污染，防止干酪产气，并对干酪的感官质量有明显改善作用。
2.溶菌酶在新鲜海产品、肉类制品中的应用
研究表明，溶菌酶、氯化钠和亚硝酸盐联合应用到肉制品中可延长肉制品的保质期，其防腐效果比单独使用时效果更好。对于-些新鲜的海产品和水产品经溶菌酶处理后均可延长储存期。
3.溶菌酶在低度酒类和饮料中的应用
在低度酒中添加20mg/kg的溶菌酶不仅对酒的风味无任何不良影响，还可防止产酸菌的生长，同时受酒类澄清剂的影响很小，是低度酒类较好的防腐剂，如日本就把溶菌酶用于清酒的防腐。此外，溶菌酶还可用于pH6.0-7.5的饮料和果汁的防腐。
4.溶菌酶在其他食品中的应用
奶油蛋糕是容易腐败变质的食品之一，在糕点中加入溶菌酶，可防止微生物的繁殖，起到防腐作用。章银良研究了溶菌酶对草莓的保鲜作用，发现将溶菌酶与甘氨酸联用，保鲜效果更佳。由于处于酵母细胞壁中的蛋白质利用率很低，所以利用溶菌酶破坏酵母细胞壁，可制成微生物蛋白质，提高酵母蛋白质的利用率。用含放线菌体的溶菌酶处理酵母液可生产出含有5'-肌苷酸、5'-鸟苷酸及其他呈味物质。
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